Tulvasuojelutyöt etenivät 1980-luvun alussa aivan uuteen vaiheeseen. Kun Kyrönjoen yläjuoksun vesille oli tehty tilaa tekojärviin, voitiin nyt lähteä pengertämään itse tulva-aluetta. Vuonna 1979 tarkistettu suunnitelma piti sisällään penkereitä ja pumppaamoja Ilmajoen Laivanpäänmukasta Ylistaron Kitinojalle asti. Suunnitelmaan kuului Ylistaron Kirkonkosken ja Kylänpäänkosken valjastaminen voimataloudelle, joka toisi mukanaan ilmaisen pumppausenergian. Tämä tavoite johti vuosikymmenen mittaiseen koskisotaan ja vaihtoehtoiseen suunnitelmaan.

Maataloustuottajain Etelä-Pohjanmaan liitto oli kiistassa selkeästi virallisen suunnitelman puolella. Kyrönjoen tarkistettu suunnitelma jakoi kuitenkin myös viljelijöitä jokilaakson varrella. Kun pengerrystyöt alkoivat vuonna 1980 vesioikeuden työluvan turvin, vaati kalastajien ja viljelijöiden ryhmä luvan purkamista. Korkein hallinto-oikeus kuitenkin vahvisti sen.

Vesi muistutti voimastaan vielä 1980-luvun puolivälissä. Kevään 1984 suurtulvassa Seinäjoen oikaisu-uoman itäpuolelle jäävä Pajuluoman pengerrysalue pystyttiin jo pitämään kuivana. Sen sijaan Kyrönjoen alajoen ympärille levisi vuosisadan suurimpiin kuuluva tulvajärvi. Laki tulvavahinkojen korvaamisesta oli säädetty edellisenä vuonna, joten maatalousministeri Toivo Yläjärvi pystyi lupaamaan Seinäjoella korvauksia jo kevään lisäbudjetista. Vesi nousi kuitenkin uudelleen heinäkuussa 1984.

Kevät 1985 oli Kyrönjoen tulvasuojelun käännekohta. Vesi nousi nytkin normaalia korkeammalle, mutta Rintalan pengerryksen puoli pysyttiin ensimmäistä kertaa suojaamaan vedeltä. Tieksin puoli sai odottaa vielä kymmenen vuotta. Kevään 1988 tulvassa Rintalan pengerrys näytti toiset kasvonsa. Kun tulva alkoi uhata asutusta Kitinojalla ja Munakassa, annettiin vesien vyöryä Rintalan alueelle.