Maaliskuussa 1990 Harri Holkerin hallitus päätti äänin 11-5 esittää eduskunnalle Lex Kyrönjoen hyväksymistä. Esityksen mukaan Kyrönjoen Hanhikosken alapuolella ei saisi myöntää lupaa uusien voimalaitosten rakentamiseen. Samalla valtio lupaisi saattaa loppuun yläosan tulvasuojelun sekä vastata pumppaamoiden ylläpidosta ja energiasta. Eduskunta hyväksyi helmikuussa 1991 Kyrönjoen suojelulain äänin 97-76. Niukka määrävähemmistö äänesti kuitenkin lain seuraavan eduskunnan ratkaistavaksi.

Etelä-Pohjanmaalla olivat keväällä 1991 edessä Kyrönjoki-vaalit, jossa tentattiin moneen kertaan kaikkien ehdokkaiden kanta Kyrönjoen suojelulakiin. Kun eduskunta oli valittu, alkoi uusi lobbaus. Etelä-Pohjanmaan molemmat liitot, tuottajaliitto ja maakuntaliitto toimivat yhteisrintamassa Kyrönjoen erityissuojelulain kaatamiseksi. Simo Vaismaa ja maakuntajohtaja Esa Latva-Rasku puhuttelivat kansanedustajat henkilökohtaisesti vielä juuri ennen eduskunnan ratkaisevaa käsittelyä. ”Omat saatiin vahvistettua, mutta tuskin ketään käännytettyä. Näimme kyllä, että tämä sota hävitään. Mutta ei sitä itketty, eikä unia menetetty. Se vain harmitti, että asia taas viivästyi”, sanoi Vaismaa.

Uudessa eduskunnassa Lex Kyrönjoen ratkaiseva käsittelypäivä oli 6. kesäkuuta 1991. Kyrönjoen erityissuojelulaki hyväksyttiin äänin 112-71. Vaasan vaalipiirin kansanedustajat olivat suojelulain kannalla vielä muuta maata selvemmin, äänin 12-5.

Lex Kyröjoen perusteella Kyrönjoen tulvasuojelun loppusuora suunniteltiin uudelleen. Tekojärvet, oikaisu-uoma, penkereet ja pumput pitivät pintansa, mutta nyt haettiin uutta ajatusta, joka yhdistäisi tulvasuojelun ja virkistyskäytön ilman voimaloita. Ratkaisuksi löytyi Ylistaron Kitinojan ja Hanhikosken välille rakennettu maan kallein keinokoski, Malkakoski, jonka rakennustyöt alkoivat vuonna 1997. Kyrönjoen viimeinen vilkkaan rakentamisen kausi alkoi kuitenkin jo 1996, jolloin vesiylioikeus vahvisti pengerrysalueen jatkamisen Munakasta Kitinojalle. Viimeiset penkereet valmistuivat 2001, Malkakoski vuonna 2003.