Maaseutuviraston eli Mavin kokoaminen Seinäjoelle oli 2000-luvulla Suomen toiseksi suurin alueellistamishanke. Maaseutuvirastoon niputettiin maa- ja metsätalousministeriöstä maatalous- ja maaseutupolitiikan varojen, tukijärjestelmien ja ohjelmien hallintotehtäviä. Metsäkeskuksista siirtyi osa hallintotehtävistä. Uusia työpaikkoja syntyi Seinäjoelle noin 200.

Maaseutuvirasto aloitti toimintansa 1.5.2007 tilapäisissä tiloissa Seinäjoella. Siirtymäaika jatkui viraston toimitalon valmistumiseen vuonna 2011 Seinäjoelle. Enemmistö Maaseutuviraston paristasadasta virkamiehestä vaihtui, kun osa muuttohaluttomista sai muita töitä valtionhallinnosta ja osa etsi uuden työpaikan omin päin. Eteläpohjalaisille tarjoutui puolestaan kymmeniä maataloushallinnon työpaikkoja pienen matkan päässä kotoa.

Maaseutuviraston ylijohtajaksi vuoden 2007 alussa nimitetty metsänhoitaja Leena Tenhola arvioi alueellistamisen onnistuneen hyvin. ”Se on tärkein tavoite, että alueellistaminen ei saa häiritä tukien maksamista viljelijöille”, totesi Tenhola vuonna 2010. Hän myönsi haasteen erittäin suureksi, sillä Suomessa olivat hänen mukaansa Euroopan monimutkaisimmat maatalouden tukijärjestelmät.

Tukien maksatusten vaikeudet alkoivatkin kärjistyä 2010-luvulla. Jo vuonna 2013 nähtiin poikkeuksellinen episodi, kun koko MTK:n johto kävi Seinäjoella ripittämässä Maaseutuviraston johtoa. Syynä olivat sähköisen tukihaun ongelmat ja tukivalvonnan kohtuuttomuudet. ”Viljelijäväestön malja täyttyi pikkuhiljaa ja pääsi valumaan yli. Asian tärkeydestä kertoo, että tulimme tällä porukalla”, totesi MTK:n puheenjohtaja Juha Marttila.

Vuonna 2014 viljelijät kyllästyivät lopullisesti Mavin byrokratiaan. Tukihakemusten sähköinen täyttäminen ja lähettäminen oli hankalaa, kunnes koko järjestelmä kaatui huhtikuun lopussa. Tilanne ratkesi, kun maa- ja metsätalousministeri Jari Koskinen määräsi Maaseutuviraston jatkamaan hakuaikaa. MTK:n johtokunta ja MTK-Etelä-Pohjanmaan edustajat kävivät jälleen Maaseutuvirastossa esittämässä viljelijöiden tiukat terveiset ja vaatimukset.

Lokakuussa 2014 Maaseutuvirasto ilmoitti, että vuoden 2015 viljelijätukia ei pystyttäisi maksamaan kyseisen vuoden aikana ollenkaan. Syynä olivat uuden ohjelmakauden monet muutokset ja valvontojen lisääntyminen. ”Arvata saattaa, että tämä ilmoitus sai viljelijöiltä täystyrmäyksen. Niin Maville kuin ministeriöllekin annettiin tiukka vaatimus: palkka on saatava ajallaan”, totesi Kankaanpää.

Palkka ajallaan -mielenilmaukseen kokoontui marraskuussa 2014 yli 400 oikeuksiaan peräänkuuluttavaa viljelijää Maaseutuviraston edustalle. Kiristyvästä tunnelmasta kertoo, että joukko viljelijöitä laski Maaseutuviraston lipun puolitankoon ja nosti MTK:n lipun toiseen salkoon. Orpo rauhoitteli tilannetta mielenilmaisuun kokoontuneiden edessä lupaamalla lisärahoitusta, jolla tukisumman maksamista pystyttiin osittain aikaistamaan.

Rauha ei jatkunut kovin pitkään, sillä tukijärjestelmän takkuilua protestoinut traktorimarssi täytti Helsingin Senaatintorin 11. maaliskuuta 2016. Mielenilmaisu keräsi väkeä yli odotusten, kun paikalle tuli runsaat 5 000 viljelijää ja yli 700 traktoria. Tällä kertaa maa- ja metsätalousministeri Kimmo Tiilikainen tyynnytti viljelijöitä lupaamalla ministeriön puuttuvan Maaseutuviraston tilanteeseen. Tämä tarkoitti käytännössä viraston siirtymistä tukiprosessien mukaan järjestettyyn prosessiorganisaatioon. Puuttumisen tulkittiin tarkoittavan myös ylijohtaja Tenholan hyllytystä, kunnes kävi ilmi, että Tenhola sai jatkaa eläkkeelle jäämiseensä eli huhtikuuhun 2017 saakka. Uudeksi ylijohtajaksi valittiin Antti-Jussi Oikarinen.

Syksyllä 2016 ympäristöministeri Kimmo Tiilikainen ehdotti Eviran ja Maaseutuviraston yhdistämistä uudeksi Elintarvikevirastoksi. Vuonna 2017 viraston paikaksi ratkesi Seinäjoki.